Arındırılmış suların son aşamasında kullanılan ozon dezenfeksiyon sistemi, sudaki bulanıklık, organik ve inorganik mikroorganizmaların giderilmesine yardımcı olur. Ozon, genellikle büyük rezervuarlardaki atık sularının temizlenmesi amacıyla kullanılsa da aynı zamanda içinde canlıların yaşadığı yere akan atık sularının arındırılması işlemlerinde de tercih edilir. Ozon sadece dezenfektasyon için kullanılıyor gibi görünse de aynı zamanda sudaki koku ve tadın iyileştirilmesi için de tercih edilir. Bu sadece hem zararsız hem de kesin çözüm sağlayan bir yöntem tercih edilmiş olunur.